Le Campione, ou Godslayer, possède des pouvoirs lui permettant de tuer un être céleste, ou même un Dieu. Il est en mesure de s'imposer parmi les mortels, de les dominer. En cela, il peut représenter le chef suprême, tout comme il peut constituer une menace. Godou Kusanagi, 16 ans, est un lycéen qui s'est vu contraint d'abandonner le baseball suite à une blessure. Lors des vacances de printemps, sa vie sera bouleversée. En effet, certaines circonstances l'ont amené à tuer une divinité, Verethragna. C'est de cette manière que le jeune homme va malgré lui devenir le septième Campione, le plus jeune à ce jour. Il doit alors prendre ses responsabilités et lutter contre les différents problèmes causés par les Dieux...

La magie n'est le produit ni des légendes ni des contes de fées, elle est devenue une technologie réelle depuis longtemps. Les pouvoirs surnaturels sont devenus une technologie systématisée via la magie et la magie est devenue un talent technique. Les « utilisateurs de pouvoirs surnaturels » sont devenus des « Techniciens magiques ». Les Techniciens magiques (magiciens pour faire court) sont entraînés dans des lycées de la magie et dans des universités. Ceci est l'histoire de Tatsuya, un grand frère incompétent en terme de pratique de la magie, mais sans égal au niveau de la théorie, rangé avec les élèves ratés, et de sa petite sœur parfaite, Miyuki, surdouée dans la pratique de la magie et qui se retrouve avec l'élite de l'école.

Oribe Mafuyu et Yamanobe Tomo sont deux étudiantes à l'académie St Minkhalov dirigé par le père de Tomo. Mafuyu défend constamment Tomo, car toutes les deux sont sujet aux brimades des autres élèves de l'école. Un jour, Mafuyu fait la rencontre d'un jeune garçon russe prénommé Aleksander Nikolaevich Her, se présentant comme un "Qwaser", des êtres capables de manipuler les éléments, pour combattre. Il défend la fille contre une attaque d'un de ces "Qwaser". Commence alors une lutte entre l'Eglise et ces combattants, pour une relique qui renfermerait des secrets, et les deux jeunes filles se retrouvent entrainée au milieu de tout cela...